便攜式數碼顯微鏡具有顯微攝像功能，把觀察到的顯微效果保存下來，形成圖文文件，可給相關部門互相傳閱；而普通顯微鏡只能通過目鏡觀察，不能進行顯微攝像。
另外本產品可以與電腦相接，可以實現多人同時觀察；而普通顯微鏡只能一人觀察。數碼顯微鏡的成像裝置可以有測量，打印圖文報告，錄像等功能；普通顯微鏡只能單純的進行顯微觀察。
便攜式數碼顯微鏡的正確使用方法如下：
（一）取鏡和安放
1、右手握住鏡臂，左手托住鏡座。
2、把顯微鏡放在實驗臺上，略偏左（顯微鏡放在距實驗臺邊緣7厘米左右處）。安裝好目鏡和物鏡。
（二）對光
3、轉動轉換器，使低倍物鏡對準通光孔(物鏡的前端與載物臺要保持2厘米的距離)。
4、把一個較大的光圈對準通光孔。左眼注視目鏡內(右眼睜開，便于以后同時畫圖)。轉動反光鏡，使光線通過通光孔反射到鏡筒內。通過目鏡，可以看到白亮的視野。
（三）觀察
5、把所要觀察的玻片標本（也可以用印有“6”字的薄紙片制成）放在載物臺上，用壓片夾壓住，標本要正對通光孔的中心。
6、轉動粗準焦螺旋，使鏡筒緩緩下降，直到物鏡接近玻片標本為止（眼睛看著物鏡，以免物鏡碰到玻片標本）。
7、左眼向目鏡內看，同時反方向轉動粗準焦螺旋，使鏡筒緩緩上升，直到看清物像為止。再略微轉動細準焦螺旋，使看到的物像更加清晰。
8、高倍物鏡的使用：使用高倍物鏡之前，必須先用低倍物鏡找到觀察的物象，并調到視野的正中央，然后轉動轉換器再換高倍鏡。換用高倍鏡后，視野內亮度變暗，因此一般選用較大的光圈并使用反光鏡的凹面，然后調節細準焦螺旋。觀看的物體數目變少，但是體積變大。
（四）整理
8、實驗完畢，把便攜式數碼顯微鏡的外表擦拭干凈。轉動轉換器，把兩個物鏡偏到兩旁，并將鏡筒緩緩下降到低處，反光鏡豎直放置。后把顯微鏡放進鏡箱里，送回原處。
